Historia

Fue fundado el 7 de enero de 2002 cuando los ejecutivos del club compraron los derechos del ADET (Asociación Deportiva el Tránsito), por un total de $100,000.

La nueva junta directiva cambió el tradicional uniforme ocre del ADET por los colores blanco y negro, un uniforme muy parecido al del equipo italiano de la Juventus de Turín. Es así como el antiguo plantel del ADET, pasó a llamarse San Salvador que en su primera temporada fue dirigido por el ex futbolista Jaime “La Chelona” Rodríguez con la ayuda de Norberto Huezo, y Jorge “Mágico” González, quien además tuvo un paso fugaz como jugador en el Torneo Clausura 2002.

En el Torneo Apertura 2002 San Salvador hizo historia, a pesar de su reciente creación, con el técnico uruguayo Rubén Alonso en el banquillo, al conseguir el subcampeonato tras perder en la final contra el Club Deportivo FAS por 1-3. En menos de dieciocho meses de existencia el San Salvador alcanzó el campeonato al derrotar al CD Luis Ángel Firpo por 3-1 en la final del Torneo Clausura 2003.

Al finalizar la temporada 2007–2008 en novena posición (acumulando el puntaje de los campeonatos apertura y clausura), tuvo que disputar la permanencia de la categoría frente al subcampeón de la segunda división: el Juventud Independiente de la localidad de Opico. La serie fue perdida por el equipo capitalino a doble partido (1-1 y 1-3); lo que provocó su descenso. Al terminar el plazo para su inscripción en la segunda división, en agosto de 2008, y no hacerla efectiva, la entidad llegó a su final.